Le conseil de la MRC du Domaine-du-Roy est constitué des mairesses et maires de chacune des municipalités. Les villes de Roberval et de Saint-Félicien disposent toutefois chacune de deux représentants supplémentaires au conseil.
Le conseil de la MRC est présidé par le préfet élu au suffrage universel, monsieur Yanick Baillargeon. Le mandat du préfet est de quatre ans et il dirige les activités de la MRC avec l'aide de l'équipe administrative, du conseil des élus et des comités sectoriels.